Appky

Nukleové kyseliny

Filter DNA

Program odfiltruje všetky prebytočné znaky a sformátuje výstup podľa zadaných nastavení.

Reverse Complement

Program skonvertuje vstupnú sekvenciu na reverznú a/alebo komplementárnu sekvenciu. Využitie nájde napr. pri hľadaní ORF sekvencie na reverznom vlákne DNA.

DNA Info

Program zistí na základe sekvencie pomer zastúpenia báz a výslednú molekulovú hmotnosť danej molekuly v závislosti od počtu vláken a topológie.

GenBank na FASTA akceptuje ako vstup súbor GenBank a vráti celú sekvenciu DNA vo formáte FASTA. Tento program použite, ak chcete rýchlo odstrániť všetky informácie o sekvencii, ktoré nie sú súčasťou DNA, zo súboru GenBank.

GenBank extraktor sekvencií

Extraktor sekvencií vyberá sekvencie z Genbank súboru popísané v jeho zázname. Môžete si zvoliť, či vybrané fragmenty zobraziť ako samostatné sekvencie alebo ich len zvýrazniť kapitálkami v rámci celkovej sekvencie.

EMBL na FASTA

EMBL na FASTA akceptuje ako vstup súbor EMBL a vráti celú sekvenciu DNA vo formáte FASTA. Tento program použite, ak chcete rýchlo odstrániť všetky informácie o sekvencii, ktoré nie sú súčasťou DNA, zo súboru EMBL.

EMBL extraktor sekvencií

Extraktor sekvencií vyberá sekvencie z EMBL súboru popísané v jeho zázname. Môžete si zvoliť, či vybrané fragmenty zobraziť ako samostatné sekvencie alebo ich len zvýrazniť kapitálkami v rámci celkovej sekvencie.

PCR Primer Check

Program zistí základné vlastnosti primerov a ich vhodnosť pre PCR reakciu. Je možné vyplniť názov a sekvenciu primeru alebo hromadne vložiť viacero sekvencií primerov vo formáte FASTA. Pri zápise možno použiť aj degenerované bázy.

PCR produkty

Program nájde všetky PCR produkty v danej FASTA sekvencii, ktoré sú úplne komplementárne k sekvencii primerov. FASTA sekvencia môže byť kruhová alebo lineárna. V sekvencii primerov možno použiť degenerované bázy.

Restrikčné štiepenie

Program štiepi sekvenciu DNA vo virtuálnom reštrikčnom štiepení reštrikčnými enzýmami. Výsledné fragmenty sú zoradené podľa veľkosti a sú pomenované názvom, ktorý udáva ich dĺžku, polohu v pôvodnej sekvencii a miesta enzýmov, ktoré ich produkovali.

Proteíny

GenBank extraktor proteínov

Program akceptuje ako vstup súbor GenBank a zobrazí všetky predpokladané sekvencie proteínov vo formáte FASTA.

EMBL extraktor proteínov

Program akceptuje ako vstup súbor EMBL a zobrazí všetky predpokladané sekvencie proteínov vo formáte FASTA.

Filter proteín

Program odfiltruje všetky prebytočné znaky a sformátuje výstup podľa zadaných nastavení.

Proteín konvertor

Program skonvertuje 1-písmenkový aminokyselinový zápis na 3-písmenkový, a opačne.

Proteín Info

Program zistí na základe sekvencie pomer zastúpenia proteínogénnych aminokyselín a vypočíta molekulovú hmotnosť a izoelektrický bod. Molekuly je možné ošetriť pridaním proteínovej kotvy.

Ostatné appky

Kalkulačka χ2

V tomto štatistickom teste vyslovujeme záver o zhode alebo rozdiele medzi experimentálne získanými (stĺpec e) a teoreticky očakávanými pomermi (stĺpec predpoklad) na základe testovania nulovej hypotézy.