Zväčšovaním poznatkov a rozvojom mikroskopických technológií sa v priebehu histórie klasifikácia organizmov neustále menila, a to aj na tej najvyššej úrovni hierarchie (ríše a domény). Z historického hľadiska sú najvýznamnejšie tieto prelomové systémy:
Linného systém (1735 / 1758) link
Odhliadnuc od prvotných starovekých snáh ARISTOTELA, prvý skutočne ucelený systém živej prírody vytvoril švédsky prírodovedec CARL VON LINNÉ (1707–1778). Svoj systém publikoval v diele Systema naturae (Systém prírody) v roku 1735. Najdôležitejšie je však jeho 10. vydanie z roku 1758, ktoré sa dodnes považuje za medzník a oficiálny začiatok vedeckej zoologickej nomenklatúry.
Linného systém pozostával z 3 ríš, z ktorých jedna zahŕňala dokonca „neživé“ minerály. Linné ich totiž považoval za živé v tom zmysle, že majú schopnosť rastu a agregácie podobne ako organizmy. Rastliny rozdelil na 24 tried najmä podľa morfológie kvetov, živočíchy do 6 tried (4 triedy stavovcov a 2 triedy bezstavovcov).
Hoci už za života Linného bol známy mikroskop, štúdiu mikroorganizmov sa takmer vôbec nevenoval, keďže ich pôvod a význam nebol objasnený. V jeho práci sú len okrajové zmienky o planktóne (ktorý nazval Microcosmus), zelená riasa váľač (Volvox) a jeden druh veľkej meňavky dostal príznačný názov Chaos.
Linného systém 3 ríš vyzeral takto:
- ríša: Rastliny (Regnum Vegetabile)
- ríša: Živočíchy (Regnum Animale)
- ríša: Minerály (Regnum Lapideum)
Haeckelov systém (1866) link
Rozvojom mikroskopie dochádzalo k objavovaniu obrovského množstva nových mikroorganizmov. Vyústilo to do vytvorenia nového systému, ktorý bol dielom nemeckého biológa ERNSTA HAECKELA (1834–1919). Haeckel zaviedol pre všetky jednobunkové a kolóniové organizmy (vrátane baktérií) spoločné pomenovanie Protista.
Táto predstava o klasifikácii živej prírody bola populárna vyše 50 rokov, kým sa vďaka rozvoju bunkovej biológie (cytológie) nezačalo uvažovať o definitívnom a oveľa hlbšom rozdelení prokaryotických a eukaryotických organizmov.
Haeckelov systém 3 ríš vyzeral takto:
- ríša: Protista – všetky jednobunkovce a baktérie
- ríša: Plantae – mnohobunkové rastliny
- ríša: Animalia – mnohobunkové živočíchy
Whittakerov systém (1969) link
Ide nepochybne o najznámejší a najklasickejší systém živej prírody, ktorý je dielom amerického ekológa ROBERTA WHITTAKERA (1920–1980). Whittaker nielenže definitívne oddelil baktérie (ríša Monera) od jednobunkových eukaryotov (ríša Protista), ale taktiež historicky vyčlenil huby (Fungi) do úplne samostatnej ríše (dovtedy tvorili len „nezelenú“ vetvu nižších rastlín). Tento systém piatich ríš je z didaktického hľadiska dodnes základom pre väčšinu stredoškolských učebníc biológie.
Whittakerov systém 5 ríš vyzerá takto:
- ríša: Monera – všetky prokaryoty
- ríša: Protista – všetky eukaryotické jednobunkovce
- ríša: Fungi – huby
- ríša: Plantae – rastliny
- ríša: Animalia – živočíchy
Woeseho systém (1990) link
S rozvojom modernej genetiky a na základe výsledkov molekulárnych evolučných analýz (predovšetkým porovnávania sekvencií ribozomálnej RNA) sa začal presadzovať nový systém založený na troch najvyšších kategóriách – doménach.
Predstavil ho americký mikrobiológ CARL WOESE (1928–2012) v roku 1990. Vďaka analýze RNA zistil, že hoci sú archeóny na prokaryotickom bunkovom stupni (nemajú jadro), je medzi nimi a pravými baktériami minimálne taký veľký genetický a evolučný rozdiel, ako medzi baktériami a eukaryotmi.
Woeseho systém 3 domén vyzerá takto:
- doména: Bacteria – pravé baktérie
- doména: Archaea – archeóny (staršie pomenovanie archebaktérie)
- doména: Eukarya (Eukaryota) – všetky eukaryotické organizmy (jadrovce)
